Варминьсько-Мазурський Університет є потужним науково-дослідним центром. Нині (2020) його вчені реалізують 170 національних дослідницьких проектів, що фінансуються Національним науковим центром, Національним центром досліджень і розробок і Міністерством науки і вищої освіти Польщі. Крім того, вони виконують ще 29 міжнародних дослідницьких проектів. У університеті є добре обладнані лабораторії для проведення складних досліджень.
Інноваційний потенціал Університету виражається у кількості поданих і отриманих патентів, реалізацій і корисних моделей. У 1999 - 2018 роках в Патентне відомство Республіки Польща було подано 421 винахід, корисні моделі, промислові зразки і торгові марки. У ті ж роки Університет отримав 314 патенти на винаходи, права на захист корисних моделей і товарних знаків і права на реєстрацію промислових зразків.
Тут функціонують 7 дослідницьких центрів: Нутри-Био-хімічний центр, Центр інноваційних діагностичних і терапевтичних методів, Центр досліджень поновлюваних джерел енергії, Науково-дослідний центр молочної промисловості, Науково-дослідний центр Східної Європи, Центр соціальних досліджень, Центр досліджень природних і традиційних продуктів харчування і 7 кластерів.
Університет готує і впроваджує, серед іншого, методи збереження забруднених озер. Саме тут був розроблений унікальний і інноваційний метод ефективної і недорогої рекультивації озер за допомогою спеціального трубопроводу (так званий трубопровід Ольшевского), який нині використовується майже у всьому світі. Учені з Варминьсько-Мазурського Університету взяли участь в програмі відновлення популяції унікального виду мігруючого сига з озера Лебсько.